Aan het hoofd van de ambtelijke organisatie staat de eilandsecretaris. De secretaris ondersteunt het bestuurscollege en is voorzitter van het directieteam. De organisatie is verdeeld in vier directies. Iedere afdeling heeft een directeur. De directeuren vormen samen met de eilandsecretaris het directieteam. De belangrijkste taak van de organisatie is om besluiten van de eilandsraad en het bestuurscollege voor te bereiden en uit te voeren. Bij de het openbaar lichaam Bonaire werken rond de 340 medewerkers.

Zie hieronder het organogram van het openbaar lichaam Bonaire.