De bewoners van Bonaire houden van hun natuurlijke omgeving, zowel onder als boven water en voelen zich daarmee sterk verbonden. Ze dragen bij aan het behoud en de ontwikkeling van hun leefomgeving. Het Openbaar Lichaam Bonaire onderkent dit belang en geeft richting aan de bescherming en het behoud van de natuur en het milieu van Bonaire.

Bonaire National Marine Park (nationaal natuurpark)

Het Bonaire National Marine Park is het gehele zeegebied om Bonaire, vanaf de hoogwaterlijn tot zestig meter diepte. Het beslaat 2.600 hectaren koraalrif, zeegras- en mangrovevegetaties, die in merendeels in uitstekende staat verkeren. Ook Lac en Klein Bonaire behoren tot het onderwaterpark. De biologische diversiteit van koraalriffen van het onderwaterpark is bijzonder groot. Het onderwaterpark is internationaal bekend en van grote economische betekenis. Vooral het duiktoerisme levert een belangrijke bijdrage aan de inkomsten van de eilandbevolking. Het Bonaire National Marine Park is wettelijk ingesteld op basis van de Verordening marien milieu. Het park wordt beheerd door STINAPA Bonaire. STINAPA Bonaire heeft een beheersplan voor het onderwaterpark, inclusief Lac en Klein Bonaire ontworpen.

Lac (nationaal natuurpark)

Het natuurgebied Lac is 700 ha. groot en omvat de hele baai van Lac, inclusief Cai, Sorobon en een 500 meter bufferzone vanaf de hoogste waterstand om het watergebied heen. De baai Lac is uniek voor het eiland vanwege het voorkomen van zeegras en mangrove. Lac is een belangrijke rustplaats, broedgebied en voedselgebied voor tal van watervogels, mariene ongewervelden en vissoorten. Voor veel rifvissen heeft Lac een kraamkamerfunctie. De groene zeeschildpad (tortuga blanku) en de karkó gebruiken de baai als voedselgebied. Lac maakt een belangrijke onderdeel uit van de cultuurhistorie van Bonaire en is een populair recreatiegebied. Lac is beschermd watergebied in het kader van het Ramsar-verdrag.

Klein Bonaire (nationaal natuurpark)

Dit onbewoonde eiland heeft een oppervlakte van ca. 700 ha. en is omgeven door schitterende koraalriffen. Het wettelijk beschermde natuurgebied van internationale betekenis maakt deel uit van het Bonaire National Marine Park. De stranden aan de noord- en westkant van het eiland zijn de belangrijkste nestplaatsen voor de zeeschildpadden. Op het eiland komen zeker 76 plantensoorten en circa 55 diersoorten voor, waaronder soorten die zeer zeldzaam zijn. Het eiland is door zijn natuurwaarden, ongestoorde karakter en ligging voor de kust van het economisch hart van het moedereiland uniek in het Caribische gebied. Klein Bonaire is aangewezen als Ramsar-gebied, voornamelijk vanwege de omringende riffen, maar ook vanwege enkele saliñas op het eiland.

Pekelmeer (reservaat)

Dit gebied van 800 ha. omvat het oorspronkelijke Pekelmeer, inclusief het water inlaatgebied in het zuidelijk deel en het omdijkte gebied aan haar oevers dat is aangelegd als broedplaats voor de flamingo. Het Pekelmeer met het flamingoreservaat is de belangrijkste broedplaats voor de flamingo in het zuidelijke Caribische gebied. De flamingo stelt bijzondere eisen aan zijn omgeving (waterkwaliteit, rust) en is zeer gevoelig voor verstoringen. Het Pekelmeer en het flamingoreservaat zijn aangewezen als watergebied van internationale betekenis volgens het Ramsar-verdrag. Het gebied wordt beheerd door Cargill Salt Bonaire N.V.

Zuidelijk Bonaire (eilandelijk natuurpark)

Onder Zuidelijk Bonaire wordt verstaan het zuidelijk deel van Bonaire vanaf de noordzijde van Trans World Radio tot aan Sorobon (volgend de Kaya van Eps), exclusief het industrieel gebied van Cargill Salt Bonaire en Trans World Radio en exclusief het Pekelmeer. Dit gebied is als geheel gericht op duurzame bescherming van het broed- en leefgebied van de flamingo.

Terrassenlandschap Midden-Bonaire (eilandelijk natuurpark)

Het terrassenlandschap Midden-Bonaire is het heuvelachtige gebied tussen Fontein, Seru Largu, de westkust en het Gotomeer. Hieronder vallen onder meer de landgoederen Karpata, Tolo, Colombia en Fontein en het gebied van Kibra'i Montaña. De gebieden in de heuvels ten zuiden en oosten van het dorp Rincon zijn ruig en slecht toegankelijk en daarom veel minder in cultuur gebracht dan de valleigronden. Het terrassenlandschap bestaat uit de deelgebieden Rooi Sangu, Tolo en Columbia. Deze natuurgebieden zijn van grote betekenis voor de natuur op Bonaire. Men treft er veel van de op Bonaire voorkomende plantensoorten aan. De gebieden zijn leef- en voedselgebied voor tal van inheemse vogels en andere diersoorten.

Brasil-Labra (eilandelijk natuurpark)

Onder Brasil-Labra wordt verstaan het oorspronkelijke gebied van Brasil en Labra met uitzondering van het terrein van de Bopec en het oostelijk deel ten noorden van de Bopec dat geheel betrokken wordt binnen het Washington Slagbaai nationaal Park. Een gebied met een hoge diversiteit van traditioneel gebruik, waaronder visserij (Playa Frans) en vroeger landbouw (Labra). Het bezit uitzonderlijk elementen met een landschappelijke en natuurwetenschappelijke waarde. Hieronder vallen de saliñas Tam en Frans en de heuvel Wecua. Daarnaast zijn er belangrijke rust- en voedselgebieden voor vogels, met name de lora.

Washington Slagbaai Nationaal Park (nationaal natuurpark)

Het Washington Slagbaai Nationaal Park is als eerste park van de Nederlandse Antillen ingesteld in 1969. Het natuurgebied beslaat 6.000 ha. Het park herbergt een scala aan leefgebieden, waaronder de duinen bij de boka's aan de noordkust, de saliñas, de pos (bronnen) en de berggebieden. Saliña Slagbaai en het Gotomeer zijn aangewezen als Ramsar-gebieden. Het park is van groot belang als laatst overgebleven ongestoord leefgebied van lokale flora en fauna, waaronder de lora, prikichi, falki en yuana. Ook vanuit cultuurhistorisch oogpunt is het park van grote betekenis, onder andere vanwege de plantages en de historie van Slagbaai. Dit park krijgt de status van nationaal natuurpark zodra het wettelijk wordt beschermd. STINAPA Bonaire beheert het park.

Landschapspark Rincon (beschermd landschap)

Vanwege de cultuurhistorische betekenis van de gronden rondom Rincon streeft het eilandsbestuur naar behoud van dit gebied als landschapspark. Dit is in  het Natuurbeleidsplan vastgelegd. Het patroon van akkers, wegen en drinkplaatsen is in de loop der eeuwen ontwikkeld en vormt onderdeel van het cultuurhistorisch erfgoed van het eiland. Het doel van het landschapspark is de bevolking van Rincon de gelegenheid te bieden de culturele en natuurwaarden van hun dorp en haar omgeving te behouden, waardoor Rincon in staat zal zijn om zich op duurzame wijze te ontwikkelen.

Plataforma Rincon heeft verschillende nieuwe wandelroutes uitgezet in het toekomstige Landschapspark Rincon. Op verzoek van Plataforma Rincon heeft CARMABI een studie gedaan naar de natuur- en cultuur historische waarden van de voormalige plantage Onima. De resultaten hiervan worden gebruikt voor fondsenwerving voor de aankoop van dit gebied.

Grotten

Als geologische verschijningsvorm geven grotten een beeld van de oudste geschiedenis van het eiland. Op diverse plaatsen zijn grotten voorzien van rotstekeningen, aangebracht door de oorspronkelijke, Indiaanse bewoners van Bonaire. De grotten zijn vooral belangrijk voor het voortbestaan van de vleermuizen. Die hebben een belangrijke functie in het ecosysteem. Vleermuizen behoren tot de weinige inheemse zoogdieren op het land. 

Grotten horen tot het erfgoed van Bonaire. Totdat grotten als natuurmonument zijn aangewezen op basis van de Verordening natuurbeheer, geldt het grottenconvenant. Ondertekenaars van het convenant mogen excursies naar grotten verzorgen. Dit zijn: Buddy Dive, Bonaire Eco Experience, Bonaire Guide Services, Plaza Resort Bonaire, Captain Don's Habitat en Black Durgon Inn.

Saliñas

Saliñas werken als buffer doordat ze zorgen voor de opvang en infiltratie van (regen)water. Zo wordt voorkomen dat voedingsstoffen en gronddeeltjes het rif inspoelen en daar tot schade aan de koralen leiden. Deze functie is vooral belangrijk bij hevige regenval. Ze zijn ook een belangrijk voedselgebied voor tal van (water)vogels.

Slagbaai, Gotomeer, Pekelmeer en op Klein Bonaire zijn saliñas van internationale betekenis in het kader van het Ramsar-verdrag. Volgens het Natuurbeleidsplan moeten saliñas in principe niet worden bebouwd of uitgebaggerd. Voor eventuele ingrepen in deze gevoelige gebieden moet een milieueffect rapportage worden opgesteld, waaruit blijkt dat de functie niet wordt aangetast.

Wereld Erfgoedlijst

Het streven naar een nominatie van het onderwaterpark voor de Wereld Erfgoedlijst van de UNESCO is van groot belang voor het duurzame beheer van het park en vormt een belangrijke stimulans voor het toerisme. De nominatie in voorbereiding staat bekend onder de naam Las Islas del Caribe Sur; een grensoverschrijdende voordracht van de gezamenlijke onderwaterparken van Bonaire, Curaçao, Las Aves en Los Roques. Recente staatskundige en politieke ontwikkelingen brengen grote onzekerheden met zich voor de nominatie.