De volgende beschermde dier- en plantensoorten leven op Bonaire.
Lora
De geelvleugelamazone (Amazona barbadensis), beter bekend als de lora, is een beschermde inheemse papegaaiensoort. De soort is wettelijk beschermd door een landsverordening, het SPAW-Protocol en het CITES-verdrag. De lora wordt bedreigd door verlies, versnippering en aantasting van broed- en leefgebieden. In 2002 heeft de overheid eenmalig alle lora's in gevangenschap geringd en geregistreerd. Het ging om ongeveer 620 exemplaren. Vanaf dat moment zijn alle gevangen lora's zonder ring direct als illegaal herkenbaar. De lora's in het wild worden jaarlijks geteld. De laatste jaren wordt hun aantal geschat op 650 tot 700 exemplaren.
Flamingo (chogogo)
De chogogo (Phoenicopterus ruber) op Bonaire worden beschermd door een landsverordening, de Bonn-conventie, het SPAW-protocol en (indirect) door het Ramsar-verdrag. De broedgebieden Pekelmeer en Gotomeer worden beschermd en beheerd door respectievelijk Cargill Salt Bonaire N.V. en STINAPA Bonaire. Ook de meeste voedselgebieden zijn veiliggesteld. De totale hoeveelheid flamingo's in het Zuid Caribische gebied wordt geschat op 20.000 exemplaren, waarvan op Bonaire vooral tijdens de broedperiode ongeveer eenderde deel aanwezig is. Het aantal voedselgebieden in de regio is echter beperkt en ze zijn vaak minder goed beschermd dan op Bonaire. Internationale samenwerking blijft daarom noodzakelijk. Bonaire zelf zal de flamingo, het symbool van het eiland, actief blijven beschermen. De vogels krijgen ruimte en rust.
Vleermuizen (raton di anochi)
Op Bonaire komen waarschijnlijk meer dan vijf soorten vleermuizen (Chiroptera) voor. Ze verblijven in de vele grotten en holen op het eiland en soms in oude gebouwen en onder daken. Vleermuizen vervullen een nuttige functie in het ecosysteem: ze vangen grote hoeveelheden insecten (waaronder muggen) of dragen zorg voor de bestuiving van bloemen, waaronder die van cactussen. De grootste bedreiging voor vleermuizen vormt de vernietiging of verstoring van hun verblijfplaatsen. Op basis van onderzoek zal worden nagegaan hoe het met de vleermuizen op Bonaire gesteld is en welke beschermingsmaatregelen nodig zijn.
Zeeschildpadden (turguga)
Over de hele wereld worden zeeschildpadden bedreigd, vooral door vernietiging en verstoring van legstranden en door het eten van eieren en schildpadden door de mens. Er worden overal maatregelen genomen om ze te behoeden voor uitsterven. Zeeschildpadden worden beschermd door de Bonn-conventie, het SPAW-Protocol, het CITES-Verdrag en het Zeeschildpaddenverdrag. Het is internationaal van grote betekenis dat op en rondom Bonaire vier soorten te vinden zijn:
-
de groene zeeschildpad of turtuga blanku (Chelonia mydas);
-
de dikkopzeeschildpad of kawama (Caretta caretta);
-
de karetschildpad of karèt (Eretmochelys imbricata);
-
de lederrugzeeschildpad of drikil (Dermochelys coriacea).
De karetschildpad en de dikkopzeeschildpad maken nesten op Bonaire.
Karkó
De karkó of grote kroonslak (Strombus gigas) is wettelijk beschermd door de Verordening marien milieu. Zonder vergunning mogen geen karkó's worden gevangen. De internationale handel in karkó's is geregeld in het CITES-Verdrag. Vroeger kwam dit schelpdier in grote hoeveelheden voor in Lac, maar door overbevissing is de populatie grotendeels uitgeroeid. Om te komen tot een duurzame visserij op deze soort, is een vangstverbod ingesteld. Als weer voldoende karkó's in Lac aanwezig zijn, kunnen enkele vergunningen voor de vangst worden afgegeven.
Koralen
De soortenrijkdom van de riffen rondom Bonaire is zeer groot. Het rif wordt opgebouwd door, en biedt onderdak aan tal van waardevolle koralen. Op veel plaatsen kan de duiker of snorkelaar tientallen koraalsoorten bij elkaar aantreffen. De koraalriffen van Bonaire horen tot de gezondste en mooiste van het Caribische gebied. Maar er zijn ook bedreigingen. De grootste door de mens veroorzaakte bedreigingen zijn:
-
overbemesting door het lozen en irrigeren van afvalwater in de bodem;
-
ontwikkeling in de kuststrook door bouwen en wonen;
-
vernieling van vegetatie door loslopend grazend vee en het onoordeelkundig verwijderen van bomen, struiken en planten met erosie als gevolg;
-
broeikaseffect door het verbranden van fossiele brandstoffen.
De Verordening afvalwater, Verordening natuurbeheer en een goede ruimtelijke ordening zijn belangrijke instrumenten om aan deze bedreigingen het hoofd te bieden.